Алексей Юрьевич Емелин родился в 1972 году в Ленинграде. В 1990-2000 годах работал в Российском государственном архиве военно-морского флота хранителем фондов (архивистом), затем — ведущим специалистом в отделе научно- справочного аппарата и государственного учета документов. В 1994 году окончил исторический факультет Санкт-Петербургского государственного университета. В 2000-2003 годах — слушатель Европейского университета в Санкт-Петербурге. С осени 2003 года является заведующим архивохранилищем русского флота в Российском государственном архиве военно-морского флота. Емелин является соавтором книг «Воздухоплавательный крейсер "Русь"» (СПб 1997), «Петербургский, Петроградский. Ленинградский военный округ» (СПб 1999) подготовил к переизданию воспоминания лейтенанта А.П. Штера «На крейсере "Новик"» (СПб : Гангут, 2001) и мичмана Б.К. Шуберта «На крейсерах "Смоленск" и "Олег"» (СПб/ Гангут, 2009). В сборниках статей «Гангут», «Цитатадель», «Источник. Историк. История», журналах «Воздухоплаватель», «Отечественные архивы» и других печатаются статьи А.Ю. Емелина по различ¬ным вопросам истории российского флота.
С 2002 года Алексей Юрьевич — главный редактор сборника статей «КОРТИК Флот История. Люди», издающегося ИПК «Гангут» и посвященного судьбам моряков отечественного флота
В 2007 году Алексеи Юрьевич защитил кандидатскую диссертацию по теме «Военно-морские агенты России- Эволюция института, его задач и методов. 1856-1918».